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本发明提供了胚胎的全基因组的重构方法、装置、设备和介质。所述重构方法包括校正和填充胚胎的全基因组基因型；所述重构方法包括胚胎样本数据处理、亲缘样本数据处理、有效位点选择、单体型框架构建、胚胎的全基因组的重构与填充。该方法能够校正和填充胚胎培养液中游离DNA，其基于单核苷酸多态位点上待测样本的基因型信息和样本父母的基因型、单体型信息，先确定胚胎的单体型，再用样本父母单体型中的等位基因信息校正和填充胚胎的全基因组基因型。