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本公开涉及一种基于真实世界纵向数据的医疗辅助决策评估方法及装置、电子设备，该方法包括：确定样本患者在各决策时点的健康数据，得到健康数据时间序列，健康数据包括：健康状态数据、真实医疗操作数据、以及医疗结局数据；基于健康数据时间序列，确定待预测决策时点的历史健康数据；确定模型待处理数据；将模型待处理数据输入候选模型，得到预测医疗操作数据；基于时变因果推断，处理样本患者在多个目标决策时点上的预测医疗操作数据、真实医疗操作数据、协变量信息、以及医疗结局数据，以得到价值估计结果。该方法可以提高对候选模型辅助医疗决策能力评价的准确性、客观性以及效力。而且，不会涉及实际伦理道德问题，降低了评估耗时和成本。