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本申请公开了一种分析样本中猪流行性腹泻病毒分型的方法，通过对待分析样本的高通量测序数据进行质控并去宿主，先与PEDV S基因标准化多参考序列库进行比对，确定待分析样本中是否有PEDV以及PEDV可能涉及的候选基因型，接着对PEDV的感染情况进行初步判断，再结合高通量测序数据与PEDVS基因的比对结果计算分析，得到各基因型的PEDV在待分析样本中的分布情况以及感染比例，进而对PEDV进行分析。该方法能有效降低保守区域对混合感染判定和比例估计的干扰，减少单一参考分型导致的主株偏置，避免低信息样本被强制给出高置信混合感染的结果，能用于PEDV临床样本批量监测、混合感染候选发现和流行病学分析。