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本发明提出了一种具备冗余及包间均衡的无人机并联电池控制系统及方法，属于多旋翼无人机技术领域；包括多个高压电池包，各高压电池包分别内置有第二BMS，各高压电池包的输出端均通过动力线采用并联的方式连接至无人机的配电母线上，用于为无人机提供能量来源，各高压电池包还与均衡母线电性连接，均衡母线独立于配电母线设置，用于承载各电池包之间的包间均衡过程中的能量传递；第一BMS分别与无人机飞控系统和所述多个高压电池包内的第二BMS通信连接；在无人机飞行任务开始前，根据任务荷载和预计航程，确定需要接入配电母线的高压电池包的数量，高压电池包还通过冗余CAN总线直接与无人机飞控系统通信连接。