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本发明公开了一种生物基热塑性弹性体及其制备方法，首先将2,5‑呋喃二甲酸或呋喃二甲酸酯与1,4‑环己烷二甲醇、酯化催化剂或酯交换催化剂加入反应釜一中，负压酯化，出水或出甲醇量达到理论值95%以上，酯化或酯交换完成，得到2,5‑呋喃二甲酸‑1,4‑环己烷二甲醇酯，然后将生物基二聚酸和二元醇、酯化催化剂加入反应釜二中，酯化完成后，升高温度并开始抽真空进行预聚，得到低聚物，接着将酯化物加入缩聚催化剂、稳定剂和抗氧化剂，然后转移至反应釜二中，搅拌均匀后抽真空进行缩聚反应，反应完成后，将物料切粒，即可得到所要制备的生物基热塑性弹性体，本发明制备的生物基热塑性弹性体具有高回弹性、高韧性以及较高的表面硬度。