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本发明公开了一种VR辅助肿瘤病理三维诊断系统及病理切片3D重建方法，该系统包括数据层、算法层、VR交互层和协同层。算法层采用两阶段对齐实现病理切片3D重建，通过Transformer‑UNet混合模型完成亚像素级精对齐；基于3D U‑Net++网络分割肿瘤区域并定位核心区；采用改进A*算法生成结合病变概率的智能观察路径。VR交互层根据分析结果在三维模型中高亮标记关键区域并实现多用户协同操作。协同层通过加密传输和实时同步支持远程VR会诊。本发明实现了病理切片从重建、智能分析到沉浸式诊断的全流程整合，有效提升了肿瘤诊断的准确性和协同效率。