同时推断单细胞伪时间、速度场和基因相互作用的方法

一种同时推断单细胞伪时间、速度场和基因相互作用的方法，通过预处理具有多个分支的细胞发育的单细胞RNA测序数据集，对不同细胞类型聚类并构造分段线性模型，采用期望最大化算法优化分段线性模型，得到每个细胞的推断伪时间、动态网络的基因相互作用矩阵以及伪时间图上的单细胞速度场可视化。本发明通过引入分段常微分方程模型，重建细胞的RNA速度场和伪时间，以及基因间相互作用网络。通过迭代优化基因间连接矩阵和细胞的伪时间，能够显著提高细胞动态变化的预测精度、准确地推断细胞状态转变并检测关键的基因调控关系。