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一种自动光学检查系统，包含结构光照明显微镜。所述结构光照明显微镜包括光图案产生器、第一摄像装置及镜片单元。所述光图案产生器能够发射出具有明暗变化的图案光束。所述第一摄像装置用于收光取像。所述镜片单元具有投影镜片组及取像镜片组。所述投影镜片组用于将所述光图案产生器所发射的所述图案光束投影成投影焦平面图案。所述取像镜片组用于将所述投影焦平面图案成像在所述第一摄像装置。其中，所述投影镜片组的景深较所述取像镜片组的景深浅，借此，能使所述结构光照明显微镜在维持良好三维取像能力的情形下，提升二维取像速度，进而兼顾二维检测速度及三维检测能力。