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本发明属于微生物病原鉴定技术领域，涉及一项基于16S rRNA扩增‑纳米孔三代测序的细菌快速鉴定技术，适用于临床医疗、公共卫生监测等多个领域中细菌性感染的病原筛查、确认及溯源，尤其适用于传统培养方法难以分离培养的细菌性病原的精准鉴定场景，为感染性疾病的快速诊断、防控及治疗指导提供技术支撑。