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本发明公开了一种USB3.0物理层的上行口在深度挂起状态下的低功耗控制系统，其包括分别连接于物理层与USB3.0控制器之间的选择器与逻辑控制器，逻辑控制器输出第一输出信号与第二输出信号，第二输出信号控制选择器选择性地将逻辑控制器的第一输出信号输出至USB3.0控制器；当逻辑控制器通过USB3.0控制器的链路状态信号确定链路层进入U3状态且通过低功耗信号确定物理层在P3状态后，逻辑控制器在一个低功耗周期内输出信号控制物理层的LFPS检查电路的开/关。本发明还公开了一种USB3.0物理层的上行口在深度挂起状态下的低功耗控制方法。本发明的方案在整个低功耗状态下进一步大幅度降低了功耗，降低了系统成本。