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本公开涉及类芽孢杆菌属的基因修饰微生物体，用于改善植物的表型，例如非豆科植物的氮利用率。包括微生物体的新型株系、微生物聚生体和包含其的农业组合物。此外，本公开教导了在向目标植物物种赋予有益特性的方法中利用所述微生物体、微生物聚生体和包含其的农业组合物的方法。在特定方面，本公开提供了增强农艺上重要的物种中的期望植物性状，例如植物中氮的固定、利用、调控、吸收、获得、耐受和/或加工的方法。