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本发明公开了一种群体细胞分类系统、方法、计算机装置和存储介质，该系统包括群体细胞分类模型，其中的细胞级特征输入模块负责接收单个病例下所有细胞级特征，作为模型输入；Transformer关系建模模块负责对输入进行全局细胞关系建模；门控注意力机制模块负责计算每个细胞的注意力权重；病例级特征聚合与细胞分类模块负责对建模后的细胞级特征加权求和，得到病例级特征向量并完成病例级分类预测任务，还负责利用建模后的细胞级特征完成细胞级分类预测任务并作为辅助监督信号；聚类表示模块负责输出基于原型学习得到的聚类中心特征表示。本发明的模型能同时兼顾局部细胞信息与整体病例结构，具有较强的特征表达能力和更好的可解释性。