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本发明涉及燃料电池膜电极电流测试技术领域，具体是一种燃料电池膜电极电流分布测试方法和系统，该方法包括安装传感器阵列；通过传感器阵列获取点阵位置处的电流测量数据及点温度测量数据；根据电流方向判据对电流测量数据进行数据清洗，剔除方向异常测量数据后，得到第一电流清洗数据，映射得到电流二维分布图；映射得到与电流二维分布图空间对齐的温度二维分布图；对电流二维分布图与温度二维分布图进行关联性分析，识别电流测量数据取值异常点，将电流测量数据取值异常点剔除后，重构得到燃料电池膜电极电流分布图。本发明通过关联性分析识别并剔除电流测量数据取值异常点，提升燃料电池膜电极电流分布计算结果的准确性。