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本发明公开了一种小分子苜蓿蛋白多肽制备方法，属于植物活性成分提取领域，该方法核心步骤包括：原料预处理阶段，通过超声‑维生素C协同激活，打破蛋白分子结构、暴露酶解位；复合酶酶解阶段，采用动态分段控温+自适应酶配比调节，根据底物蛋白含量调整胰蛋白酶与中性蛋白酶配比，分2阶段控制温度与搅拌转速，同步耦合改性活性炭初步脱味脱色；酶解终止与杂质去除阶段，通过梯度降温‑脉冲灭酶结合酶活残留在线验证，搭配硅藻土‑壳聚糖复合助滤剂+纳滤膜定向除杂；后续经改性活性炭‑大孔树脂复合吸附脱味脱色、真空浓缩、冷冻干燥及射线辐照杀菌处理，制得目标产物。本发明工艺简化，符合化妆品及食品原料标准。