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本发明实施例提供一种质谱组学模型的训练与分析方法、存储介质及设备，属于质谱组学技术领域。所述方法包括：获取质谱组学数据，并进行统一封装；基于选取的至少一种预处理方法，对所述质谱组学数据进行预处理；基于选取的至少一种特征选择方法，对预处理后的质谱组学数据进行特征选择，得到特征选择结果；基于所述特征选择结果，对选取的至少一种分类模型进行训练；对所述分类模型进行性能评估，得到每一分析组合的评估结果；以及基于所述评估结果，筛选出最优分析组合，其中，所述分析组合为选取的预处理方法、特征选择方法和分类模型的组合。所述方法用于避免现有的分析流程使用多软件串联和依赖人工操作导致的问题。