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公开了用于注释谱的产物离子的方法。接收产物离子质谱。接收指示使用自由基诱导解离方法来产生质谱的参数。针对质谱的至少一个产物离子峰基于所述参数执行至少一个电荷状态质荷比（m/z）调整，并将该调整与质谱的一个或更多个其他产物离子峰进行比较。基于所述比较来注释所述至少一个产物离子峰。电荷状态调整包括电子的损失或者氢原子的损失或获得。自由基诱导解离方法包括基于电子的解离（ExD）、紫外光解离（UVPD）或红外光解离（IRMPD）。