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本发明公开了一种基于双域特征提取和动态尺度自适应查询选择的无人机小目标检测方法及系统。方法包括：获取无人机航拍图像数据并进行预处理，并将预处理后的图像输入目标检测模型提取多尺度特征，对多尺度特征进行频率细节补偿和空间结构保留，得到双域增强特征；将双域增强特征及其他尺度特征输入编码器，执行上下文信息聚合和语义引导的局部特征校准，得到编码器候选特征；根据编码器候选特征的类别响应和尺度属性，在预设查询条件下，动态确定小目标候选的查询数量，并分别从小目标候选集合和剩余候选集合中选择查询候选，得到最终查询候选集合；根据最终查询候选集合构建解码器查询，并通过解码器输出目标类别和目标边界框。