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本发明属于公章识别技术领域，公开了一种文档公章自动识别方法及系统，用于识别彩色公章和灰色/黑色公章，识别彩色公章时，该方法包括：识别彩色像素，形成彩色像素集合；对彩色像素集合中的像素点进行聚类；确定所有像素点到拟合圆的平均相对误差，并对候选聚类进行筛选，得到通过圆形拟合的候选区域；确定彩色像素密度，并结合预设的五角星密度阈值及拟合圆半径范围识别满足五角星存在及尺寸要求的候选区域；根据满足五角星存在及尺寸要求的候选区域，确定彩色公章区域，并输出彩色公章区域列表。本发明有效降低了误检率和漏检率，从而不仅有效地提升了彩色公章的识别准确率，而且还有效地提升了灰色/黑色公章的识别准确率。