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一种基于本体的认知决策资源操作系统的运行方法及系统，涉及计算机技术领域。方法包括：在本体内核中定义类型，并建立各类型之间的继承树与属性约束；将资源绑定至本体内核的类型要素进行注册，根据被绑定的类型要素生成语义哈希值；根据语义哈希值匹配出待调用的目标能力资源；根据目标能力资源的上下文层级范围，抽取当前执行周期内相较于上一周期发生变更的本体要素，将本体要素的变更增量加载至目标能力资源的运行环境以驱动目标能力资源执行，并实时拦截执行产生的针对本体内核中的实例的写入操作；基于写入操作生成本次内核变更的版本差异记录。实施上述技术方案，能够对基于本体的认知决策资源操作系统进行高效管理。