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本发明公开了一种禾谷类广谱抗病虫功能主效基因、连锁分子标记及分子设计育种双重应用体系，属于作物分子遗传育种技术领域。该体系核心为广谱抗病虫主效基因Bsdr1及其优异单倍型，该基因可介导禾谷类作物多病害、多虫害广谱显性抗性，在禾谷类作物中功能保守。本发明开发出遗传距离＜0.5cM的共显性InDel、KASP两类连锁分子标记，基因型选择准确率超98%。体系包含功能基因定向改良与分子标记辅助育种双独立可联动模块，覆盖种质创制、品种改良全流程。本发明解决了现有技术抗性谱窄、标记精准度低、研用脱节、育种周期长的痛点，可大幅缩短育种周期、提升抗病虫育种效率，减少农药施用，兼具重要经济与生态价值。