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本发明公开了一种基于河道污染底泥生态修复系统及方法，属于河道污染底泥修复技术领域。该方法包括：基于多光谱遥感设备获取目标河段的底泥分布遥感数据和上覆水体的水质参数反演数据，根据底泥分布遥感数据确定污染底泥空间分布情况；根据水质参数反演数据构建目标河段的水质动态模型，根据水质动态模型和污染底泥空间分布情况确定太阳能曝气推流一体化装置的协同运行策略；太阳能曝气推流一体化装置根据协同运行策略获取目标河段的水动力参数和水质参数，根据水动力参数和水质参数对底泥扰动强度和溶解氧补给效率进行实时调控，得到底泥污染物释放抑制数据。