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本发明公开一种慢病管理数据处理方法及系统，属于医疗信息化技术领域。该方法包括：获取同一患者的同一健康指标来自多个数据来源的多条指标记录；将各条所述指标记录写入指标数据表，并为每条所述指标记录关联数据信封字段，所述数据信封字段记录该条指标记录的来源类型、测量语境以及时间戳元组，不同来源的所述指标记录在所述指标数据表中并行保留且不互相覆盖；基于预设的临床优先级，从同一统计周期内不同来源的所述指标记录中选择代表值生成快照记录；响应于查询请求，根据所述查询请求所携带的查询意图路由至所述指标数据表或快照轨。本发明在不改变现有表结构的前提下实现多源数据的并行留痕，避免多源覆盖合并导致的临床语境丢失。