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本发明涉及数字孪生及智慧水利管理领域，公开了基于数字孪生的水利工程安全智能分析预警系统及方法。本发明主要解决传统水利预警方案中缺乏跨行政区域的协同审批机制，以及在灾变突发时受交通阻断影响导致应急资源调度效率低下的问题。本方案首先获取水利监测参数，结合行政界限数据与物资坐标构建水利孪生拓扑图谱；随后注入边界条件进行推演，生成包含交通阻断信息的灾变时空蔓延序列；接着以响应时间最小化为目标，以所述蔓延序列中的阻断节点为约束进行求解，生成最优的资源协同调度矩阵；最后解析该矩阵匹配审批权限，在跨越行政界限时自动触发联合授权请求并下发定制化工单。