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本发明公开了一种基于向量数据库的基因生物知识轻量化检索方法和装置，涉及生物信息学技术领域。该方法包括：基于基因序列、文献及功能域数据构建多模态知识库和知识图谱；利用双流注意力编码模型融合特征并通过知识蒸馏生成轻量化稠密向量；构建基于重要性感知的自适应乘积量化索引，根据信息熵动态分配量化比特位，以压缩存储并提升精度；通过混合索引检索得到初始候选集；基于图谱上下文增强的重排序机制，结合知识图谱邻居节点属性对结果进行精排。本发明解决了现有技术存在的计算资源消耗大、存储成本高、量化精度损失以及上下文信息缺失的问题。