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本发明公开一种基于近红外成像的瞳孔定位和校正的方法、系统，具体包括：实时采集原始眼部灰度图像，并进行预处理得到第一图像；对第一图像采用双层定位方法获取瞳孔边缘采样点，所述双层定位方法包括粗定位和细定位；根据瞳孔边缘采样点拟合瞳孔模型，确定原始眼部灰度图像中最终瞳孔中心；对最终瞳孔中心的坐标进行中心归一化、修正和校正，输出屏幕注视点像素坐标。本发明通过亮度归一化、反光抑制、CLAHE对比度增强预处理解决光照、光斑干扰；由粗到精分层定位+椭圆拟合滤除睫毛、眼睑噪声，提高瞳孔检测抗干扰能力，从而提高瞳孔定位精度。