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本发明涉及微生物发酵技术领域，具体公开了一种肉苁蓉发酵液、其制备方法及其在缓解药物诱导的免疫与生殖损伤中的应用，S1、将肉苁蓉粉碎成粉末，加水配制成悬浊液；S2、向悬浊液中加入复合酶制剂进行酶解，灭菌后得到肉苁蓉酶解液；S3、向肉苁蓉酶解液中接入发酵菌种种子液，发酵得到发酵悬浊液；S4、发酵悬浊液经灭菌、离心处理后，取上清液得到肉苁蓉发酵液。本发明采用复合酶解与多菌种分段发酵双联工艺，通过酶解破壁释放肉苁蓉内源活性成分，经多菌协同代谢实现生物转化，定向富集γ‑氨基丁酸、葫芦巴碱等功能代谢物，相比传统工艺大幅提升活性成分含量，解决了传统制剂溶出率低、生物利用度不足的问题。