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本发明公开了一种唾液乳酸杆菌对黏膜菌群调节制剂及制备方法和应用，具体涉及微生物制剂技术领域，所述制剂为具有双层核壳结构的微胶囊，包括芯材、内层壁材和外层壁材，所述微胶囊的粒径为600μm～900μm，所述芯材由唾液乳酸杆菌菌悬液与保护剂溶液按体积比1:1混合而成。本发明通过内层海藻酸钠致密壳与外层乳清蛋白黏附膜的层序反转及分步交联，构建了兼具黏膜黏附与酸性响应释放的反向双层核壳微胶囊，突破现有益生菌制剂仅侧重肠道递送或简单包埋的技术局限，实现菌株生物学特性与材料工程设计的协同增效，提高在储存稳定性、阴道滞留时间及微生态主动调节方面的效果，为阴道菌群失调及相关妇科疾病的防治提供了全新的技术路径。