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本发明提供一种结合几何特征与GCN的关节层次结构预测方法及系统，涉及计算机图形学与三维建模技术领域，对目标三维网格模型的原始顶点坐标集合及原始面片拓扑连接集合进行多尺度邻域几何分析处理，得到顶点局部曲率变化特征集合及顶点局部法向偏移特征集合；基于原始面片拓扑连接集合构建网格拓扑无向图结构；将图邻接矩阵、局部曲率变化特征集合及局部法向偏移特征集合输入关节位置预测图卷积网络，生成顶点隐式空间坐标嵌入向量集合，再通过热力值回归预测器进行三维空间热力值分布预测，生成关节中心点坐标集合及置信度评分集合，据此生成关节层次结构预测结果，显著提升了关节层次结构自动预测的准确性、鲁棒性及对复杂几何形态的适应能力。