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本发明提供一种基于数字孪生的多机协同制造控制方法及系统，通过采集各制造单元实时状态数据，经无量纲化处理构建系统状态矩阵，并计算表示单元拓扑关系的归一化拉普拉斯矩阵，对状态矩阵做奇异值分解与低秩逼近，以所述拉普拉斯矩阵为正则化项，权重与上一时刻谱扰动指数成反比；结合奇异值时间梯度与历史残差得到当前谱扰动指数，超出阈值则调高模型阶数，根据投影能量划分稳态、暂态基底，分别通过格拉斯曼流形投影、兰索斯双对角化更新基底，生成预测基底子空间，提取高维残差分量，构建核回归模型，在实际约束下完成残差补偿预测，融合预测基底与残差结果重构状态矩阵，根据所述矩阵与目标矩阵的偏差输出协同控制指令。