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本发明公开了基于多源数据融合的柑橘黄龙病发病率预测方法及系统，涉及农业病虫害监测技术领域，方法包括：获取上一生长年度发病率与逐日气象数据并完成单元匹配；按春梢期、夏梢期、秋梢期、晚秋梢期划分物候时间窗并对齐气象序列；在对应时间窗提取物候特征；将上一年度发病率设为越冬媒介基数代理并纳入特征；建立柑橘木虱生态机理子模型并计算媒介种群压力指数；融合特征、代理和指数构建发病率预测模型并完成区域化参数确定；依据目标年度观测或预报数据生成特征与指数并输出预测结果。通过物候分段与媒介机理耦合、引入代理变量和区域化参数确定，实现气象、媒介到病害全链路量化与提前预警，提升预测准确性、可解释性与跨区适用性。