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本发明公开了一种基于OpenHLA泛修饰免疫肽的开放式检索方法。所述方法包括：获取免疫肽组学质谱数据并进行预处理；构建目标数据库、诱饵数据库及修饰规则集合；对MS/MS谱图执行de novo分析；基于de novo分析结果构建Tag索引；建立ion索引；在数据库检索框架下融合de novo信息、Tag索引和ion索引生成开放修饰候选肽谱匹配结果；对候选结果进行初评分；通过专门适配免疫肽开放修饰搜索的Percolator重打分模块进行重打分；并基于目标‑诱饵策略进行FDR控制，输出免疫肽开放修饰识别结果。本发明能够在支持大量修饰搜索的同时控制候选空间复杂度，提高HLA免疫肽开放修饰鉴定的灵敏度、准确性和计算效率。