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本发明公开了一种电子病历质量评估方法及系统，属于电子病历数据处理技术领域。该方法基于诊疗事件因果链执行病历质量评估，包括：获取待评估电子病历并进行诊疗事件抽取，得到多个诊疗事件及对应时间标签；根据时间标签将全部诊疗事件沿时间轴排列，生成初始事件因果链；以初始事件因果链为基准，对每个诊疗事件进行合理性校验，标记偏离逻辑走向的异常事件；利用异常事件在初始事件因果链中的前后事件节点，对异常事件进行上下文修正，生成修正后事件；将修正后事件替换异常事件得到目标事件因果链，并以目标事件因果链作为质量评估依据。该方法能够自动识别和修复电子病历中与诊疗逻辑不一致的事件，获得更准确的质量评估结果。