基于几何特征与语言模型融合及基序锚定扩散的蛋白质靶点结合肽从头生成方法及系统

本发明公开了一种基于几何特征与语言模型融合及基序锚定扩散的蛋白质靶点结合肽从头生成方法及系统，方法包括：接收目标蛋白质的3D结构；利用预训练的图神经网络模型基于几何与语言模型融合特征识别目标蛋白质3D结构上的结合口袋；根据识别到的口袋的几何特征，生成互补结合的锚定片段，其包括若干个氨基酸残基的短肽基序；按指定的拓扑约束条件，将锚定片段扩展为完整结合肽骨架空间结构；推断完整结合肽骨架上每个位点处预设的多种氨基酸的概率分布，并根据概率分布结果为每一个位点选择适配的氨基酸，进而得到蛋白质靶点结合肽。本发明以结合优先为组织原则，以靶点位点几何为主线，通过分阶段约束传播将结合相关信息贯穿整个设计流程。