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本发明公开了一种药物生产系统、隔离柜以及药物生产方法，药物生产系统包括：第一反应容器、第二反应容器，第一输送件连通第一反应容器和第二反应容器，第一驱动机构和第一输送件配合以驱动第一反应物沿第一输送件流入第二反应容器内进行合成；第二驱动机构和第二输送件配合以驱动合成后的药物沿第二输送件流入分装容器内；第二输送件连通插针组件和分装容器，在插针组件插入第二反应容器情况下插针组件相对第二反应容器具有第一位置和第二位置。通过药物生产系统能够实现药物的自动合成和分装，提升药物合成分装的效率和精度，在放射性药物合成分装应用场景中，减少了医护人员与药物的接触，降低了药物对医护人员的放射性危害。