正大康地（重庆）生物科技有限公司

本申请提供一种基于共有连续性纯合片段比例的公母猪基因组配种方法及系统，属于生物核酸检测与畜禽分子育种交叉技术领域。该方法先完成全基因组SNP分型检测，获取个体基因型数据；遍历全部公母猪配对组合，识别候选个体基因组中大于预定最小长度的连续性纯合片段ROH，依据公、母猪ROH基因组重叠区域，计算共有连续性纯合片段比例PSROH与基因组亲缘关系GK。对待配母猪先以GK低于第一预定阈值筛选得到第一候选子集，再以子集内组合PSROH中位数作为第二预定阈值筛选出第二候选子集，结合配种次数上限完成公猪分配。本申请在整体亲缘约束下规避双亲局部共有纯合片段，可有效降低子代近交系数，提升仔猪出生重。