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本发明涉及网络安全技术领域，尤其涉及一种恶意VPN流量的多阶段检测方法及系统，方法包括：加载恶意VPN IP地址库和域名库并转换为所需的字典树结构；配置上下行流量镜像策略，实时捕获网络流量；从流量中提取信息；将目的IP和域名特征输入字典树进行快速匹配；若匹配成功则触发告警并固化流量链路信息；若未命中，则启用JA3与JA4联合指纹识别机制，通过相似度计算判断是否为VPN流量，并将新发现的特征加入特征库实现动态更新；检测到恶意流量后自动生成工单并通知负责人，启动SLA计时器跟踪处置流程。本发明能够实现对已知恶意VPN流量的微秒级拦截，有效识别伪装成HTTPS的未知变种VPN隧道。