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本发明提供无创诊断数据的采集方法及系统，涉及数据采集技术领域，所述方法包括：获取原始光学采集数据和原始接触压力数据，并进行时间对齐处理；执行接触压力变化识别处理，生成接触压力影响分域数据；根据接触压力影响分域数据，对对齐数据中的原始光学采集数据执行光路扰动定位处理，生成光学干扰片段数据；根据光学干扰片段数据，对对应的光学干扰片段执行光学补偿构建处理，生成分域补偿光学数据；根据分域补偿光学数据，对各接触压力影响分域之间执行分域拼接处理，生成连续校正光学数据；根据连续校正光学数据，执行目标数据提取处理，生成无创诊断数据；本发明提高了无创诊断数据采集的自主性和准确性。