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本发明公开了一种基于区块链的物流数据可信存证与追溯方法，包括如下步骤：采集原始物流数据，执行数据标准化处理；构建分层Merkle山脉结构，计算得到分层Merkle山脉主根承诺；划分分层Merkle山脉结构，计算得到窗口化子树根集合；配置修订分支记录结构，使用变色龙哈希生成碰撞对并生成修订证明记录；构建多重索引根结构，建立跨根共享机制，生成多维追溯索引集合；基于分层Merkle山脉主根承诺、窗口化子树根集合、多维追溯索引集合和修订证明记录，执行锚定一致性校验，输出可信存证结果和追溯验证结果。本发明提升物流数据存证完整性与多维追溯效率。