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本申请涉及花类原料智能萃取领域，公开了一种花类原料的智能萃取机组程序协同控制方法及系统，该方法在蒸汽与排气比例调节阀闭环控制下建立稳态，计算并锁存平均前馈基准开度；达到检测周期时，提前开启冷凝器冷却水阀，经延时后开启排气阀执行降压；关闭排气阀后切断蒸汽闭环，保持前馈开度，获取温度跌落后恢复至目标温度期间的包络面积生成热阶跃恢复特征值；计算相邻周期特征值梯度差，当其连续满足逼近零收敛阈值时，关闭蒸汽阀并排液。本发明通过引入物理减压提取热力学特征指标，将物料浓度的渐进变化转化为控制参数，无需在线化学检测仪表即可实现萃取终点的自动判定，提高设备运行稳定性并降低成本。