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本说明书的一实施例提供一种低结晶性磷酸钙基抗菌骨移植材料的制备方法，包括：(a)一次性投入钙前体和磷酸盐前体以合成磷酸钙的步骤；(b)将所述磷酸钙投入抗菌物质前体溶液中进行反应的步骤；(c)对所述(b)步骤的产物进行冷冻干燥的步骤；(d)混合所述(c)步骤的产物与形状控制剂并进行加压成型以制备成型体的步骤；及(e)在沸点以上温度的溶剂中除去所述成型体的形状控制剂后进行干燥的步骤。