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本发明公开了一种多功能微生物菌剂复合稳定剂及其制备方法和应用，属于微生物技术领域。本发明复合微生物菌液由下列菌种组成：假单胞菌（Pseudomonas E sp017968885），解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）XN‑3和节杆菌（Arthrobacter sp.），且活菌数量比为2:3:1。复合稳定剂配方由下列物质组成：营养成分3% w/v淀粉；保护剂2% w/v抗坏血酸；稳定剂0.2% w/v黄原胶。室温避光存储条件下，应用本配方的微生物菌剂在储藏287天后，活菌数为1.42×10CFU/mL，存活率为35.95%。