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本发明公开了一种生物医用级磺化聚醚醚酮材料及其制备方法和应用，属于生物医用高分子材料领域。所述复合材料以直接合成法制备的磺化聚醚醚酮（SPEEK）为基体，磺酸基团含量1~20%，熔融指数10~200g/10min，并添加1~20%羟基磷灰石、0~30%玻璃纤维和0~30%碳纤维。所述SPEEK经液氮深冷粉碎、去离子水清洗、醇类回流清洗和超声波辅助清洗的深度纯化工艺处理，游离氟≤50 ppm，总溶剂≤1000 ppm。所述复合材料可通过3D打印、注塑或挤出成型加工成板材、棒材及各种形状的人体器官产品，用于头盖骨、关节、骨骼等器官的修复与置换。本发明所涉及高纯度磺化聚醚醚酮材料具有磺酸基团分布均匀有序、生物相容性优异、自抗菌消炎、利于术后恢复和抗感染的优点。