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本发明公开了一种基于大数据分析的多机构质量数据实时比对方法，涉及质量数据分析技术领域，包括如下步骤：采集多机构质量时序数据、环境协变量数据和机构运行状态数据，并基于状态转移拐点进行弹性时序对齐；构建跨机构质量状态三阶张量和环境协变量矩阵；利用环境正交与稀疏约束的Tucker张量解耦算法剥离环境共变分量，得到机构特异残差张量；构建多机构残差流式超图；将其输入改进型VGAE模型，生成比对得分；在比对得分超阈值时生成根因机构标记、异常质量特征标记和异常超边标记；并根据反馈在线更新分解基向量和超边权重。本发明提高了多机构质量数据实时比对的准确性、抗环境干扰能力和异常根因定位效率。