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本发明提供一种色谱柱装置及其制备方法，色谱柱装置包括第一端板、第二端板以及夹设于两者之间的色谱柱层；色谱柱层包括中间板、密封垫以及隔板，中间板的至少一侧表面锻压成型有沟道，密封垫贴合覆盖于中间板的沟道开设侧，隔板覆盖于密封垫外侧；第一端板、第二端板、中间板、密封垫以及隔板紧固连接以挤压密封垫，并挤压密封垫发生形变，使密封垫与中间板的沟道共同围合形成色谱柱通道，色谱柱通道内部填装有色谱填料。本发明解决大尺寸色谱柱制备难度大、成型质量不可控的行业难点，大幅降低色谱柱的整体制作工艺门槛与加工难度，有效降低制备生产成本，打破传统色谱柱制备的行业技术壁垒，实现色谱柱制备的简易化、标准化与规模化普及应用。