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本发明涉及水下设施测量技术领域，提供了一种水下设施缺陷几何特征测量方法、系统、介质及设备，包括：基于水温、水压和盐度，计算得到实际声速，对声呐点云进行修正，并计算声速变化率，调整滤波窗口大小，对修正后的声呐点云进行平滑滤波；对于表面图像，计算图像暗通道，通过散射滤波对暗通道图像做平滑处理后，计算透射率，融合散射系数，去除表面图像散射光，且散射系数通过浊度修正；基于盐度和水温，计算激光在水下折射角，修正三维扫描点云；将点云进行配准和融合，生成设施表面点云模型；基于表面图像，提取设施表面的纹理信息，映射至设施表面点云模型后，分割出缺陷区域，进行几何特征参数提取。提升了复杂水域环境下的检测可靠性。