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本发明涉及生物信息学技术领域，尤其涉及一种麒麟菜的Hi‑C高通量测序建库方法。该方法包括：前处理、甲醛交联、细胞裂解和酶切；前处理包括：通过物理刮除的方式去除麒麟菜表面的粘液；剪成小块后，采用干扰物清洗试剂、乙醇和水依次清洗；干扰物清洗试剂以水为溶液，包括：Tris‑HCl、EDTA丙三醇和PEG8000。本发明针对麒麟菜提供一种专有的Hi‑C高通量测序建库方法，通过特定的前处理流程处理麒麟菜表面的蜡质层，可以有效降低后续细胞裂解之后样本中多糖、多酚、矿物质以及多种内源性抑制物等杂质的水平，还能够尽可能保持细胞核的完整性，进而可以构建得到极高质量（尤其是高有效数据量）的麒麟菜Hi‑C文库。

本发明涉及一种用于UMI和Poly‑A尾分析的文库构建方法及其应用。本发明设计新型的文库构建流程，搭建了UMI+Poly‑A尾的串连文库流程，可以完整得到Poly‑A尾的全部序列，可用于同时对UMI和Poly‑A尾测序分析，可以对原始转录本进行绝对定量，提升测序效率和精度，串连短的PCR产物，形成长的片段，能够充分利用Pacbio测序长读长的优势，精准地回溯并计数最原始的RNA分子，获得真实的基因表达谱。