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医疗观察系统1包括：光源装置3，发射第一光；成像元件513，对第二光进行成像，该第二光是从用第一光照射的被观察的对象OB返回的第一光；以及滤光元件11，设置在包括第一光路P1和第二光路P2的观察光路P0上，第一光通过该第一光路从光源装置3传播至被观察的对象OB，第二光通过该第二光路从被观察的对象OB传播至成像元件513，该滤光元件部分地、实质上地或者完全地抑制不需要的光，该不需要的光包括由第一光和第二光中的至少一个引起的从形成观察光路P0的构件产生的自发荧光。

医疗控制装置9包括：光源控制单元941，执行用于从光源装置3发射第一光的第一控制和用于从光源装置3发射激发光的第二控制；成像控制单元942，控制第一成像元件531的操作以及第二成像元件532的操作，第一成像元件531用于对包括来自观察目标OB的返回光中的可见光波长带的至少一部分的光进行成像，第二成像元件532用于对包括返回光中的观察目标荧光的波长带的至少一部分的光进行成像；以及模式切换单元943。光源控制单元941在第一模式下，将第一控制的控制值设置为控制阈值以下的控制值，并且在第二模式下，将第一控制的控制值设置为大于控制阈值的控制值。控制阈值是基于观察目标荧光的信号值变得大于基于由第二成像元件532捕获的并且至少由于第一光而生成的不需要光的信号值的控制值的最大值。