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本发明适用于红曲霉发酵技术领域，提供了一种红曲霉母曲的制备方法及应用，所述红曲霉母曲的制备方法包括如下步骤：对红曲霉生产菌种进行复合胁迫适应性预处理；以温敏性水凝胶复合谷物构成智能载体，并添加代谢诱导型营养物；发酵过程中，通过实时监测CO释放速率来触发温度切换，当温度升至水凝胶相变点以上时，载体收缩对菌丝施加物理胁迫并脉冲式释放营养物，从而强力激活次级代谢。本发明通过“菌种预处理‑智能载体‑时序营养‑动态工艺”的多层级协同，实现了对红曲霉生长与代谢的精准、主动调控，所制母曲活性高、发酵周期短、莫纳可林K产量显著提升，适用于高效生产高价值红曲产品。

本发明适用于微生物发酵技术领域，提供了一种青稞红曲及其制备方法，该方法通过分别构建红曲霉磁性微胶囊、凝结芽孢杆菌pH触发胶囊以及植物乳杆菌缓释微球，在发酵体系中形成多个结构明确且物理分隔的微生态位，从而实现对不同微生物生长微环境的独立调控；采用“主发酵空间‑酶解空间”的时空级联发酵工艺，使底物的预转化过程与微生物的代谢过程在时间与空间上实现精准对接与高效协同。本发明有效解决了传统固态发酵中不同菌种间协同作用弱、底物转化效率低、以及有毒代谢物桔霉素残留量高问题。该工艺可使目标活性成分Monacolin K的含量提高110%以上，同时将桔霉素残留严格控制在0.05mg/kg以下，具备广泛的应用前景。