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本发明提供了一种非计划再次手术数据处理方法、系统及存储介质，该方法包括：对待处理再次手术数据进行编码筛选得到编码筛选手术数据，对编码筛选手术数据进行关联筛选得到关联筛选手术数据；对关联筛选手术数据进行病历文本语义分析，得到再手术置信度得分；根据再手术置信度得分确定目标非计划再次手术和疑似再次手术；将疑似再次手术输入预训练后的再次手术检测模型进行手术分析，以确定疑似再次手术中的目标非计划再次手术；根据目标非计划再次手术的手术数量和医院上报的非计划再次手术数量确定非计划再次手术真实率。本发明实施例，通过自动化的方式筛选待处理再次手术数据中的目标非计划再次手术，提高了非计划再次手术数据处理的准确率。