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本发明公开了一种河口湿地植被生境修复方法，涉及湿地生境修复技术领域，包括S1潮沟系统优化：基于MIKE21水动力模型与SWAT泥沙输运模型，模拟潮滩涨落潮水动力过程及地形年际演化趋势，S2水文连通调控：构建潮滩水文连通生态效应模型，根据S1所述的水动力模型和泥沙输运模型，通过生态坝分段调节潮沟水位，S3地形异质性构建，S4植被自然更新促进，S5多维度监测预警，S6土壤改良调控，S7生物群落协同构建，S8动态管护机制。本发明通过S1和S2步骤，协同提升潮滩功能连通性，使潮汐水体均匀覆盖盐地碱蓬区，为植被生长创造稳定水文条件；通过S3和S4步骤，协同使盐地碱蓬种子定植率增加，适生面积较传统修复扩大，幼苗存活率提升。